Os Estágios Nacionais surgiram no primeiro semestre de 2005, derivados do antigo programa PINEM (Programa de Intercâmbio Nacional dos Estudantes de Medicina). Em 2011, foi retomado, mas tem encontrado entraves operacionais, em virtude da Lei dos Estágios em vigor.

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Este programa permite aos estudantes realizarem um estágio em outra cidade ou estado do país. Dura de três a quatro semanas; estando inclusos no estágio a hospedagem em casa de outro estudante de medicina e pelo menos duas refeições ao dia.